Медицинские микроскопы используются в различных медицинских учреждениях для исследований биологических материалов при проведении лабораторных анализов и диагностики (гематология, цитология, дерматология и др.). Приборы помогают получить микроскопическую картину препаратов, анализируя которую специалисты ставят диагнозы и назначают лечение. При помощи специальных операционных микроскопов также проводят операции в таких областях медицины, как стоматология, офтальмология, оториноларингология, гинекология и нейрохирургия.

Самыми распространенными в медицине являются оптические микроскопы: полученные с помощью них изображения отличаются высоким качеством и четкостью даже при больших увеличениях. В отдельных областях медицины используются поляризационные, стереоскопические, люминесцентные оптические микроскопы, но чаще всего, а именно для лабораторных медицинских исследований прозрачных и полупрозрачных объектов в проходящем свете плоского поля, применяются биологические микроскопы. Реализуемые при этом методы контрастирования (за счет конденсоров для исследований по методу светлого и темного поля, наборов для работы по методу фазового контраста и поляризации) помогают улучшить процесс наблюдения и добиться самых точных результатов исследования.

Бинокулярные биологические медицинские микроскопы создают изображение исследуемого объекта и идеально подходят для длительной работы с прибором, обеспечивая комфорт и удобство для зрения исследователя.

Микроскопы с тринокулярной насадкой позволяют получать изображения с очень качественной цветопередачей и наблюдать исследуемый объект как визуально, так и при выводе изображения на экран монитора. С помощью тринокулярной насадки изображение также можно фотографировать.

Помимо оптических, в медицине все чаще используют цифровые биологические микроскопы. Микроскоп, укомплектованный цифровой камерой со специальным адаптером и программным обеспечением для захвата и обработки изображения, расширяет возможности обычного прибора и позволяет получать качественные яркие снимки исследуемых объектов. Изображение, полученное в этом случае с микроскопа, можно выводить на экран монитора, анализировать, проводить измерения с помощью инструментов программы и редактировать.